发布日期：2022-01-06
非小细胞肺癌（NSCLC）中融合基因的发现为个体化治疗提供了重要的靶点，包括经典的ALK、ROS1，还有一些逐渐被重视的融合基因如RET、NTRK、FGFR等。
新羿生物专题会围绕数字PCR技术，基于不平衡转录分析策略在融合基因检测方面的创新优势及相关研究进展进行分享。
不平衡转录分析策略
在正常肺组织细胞中，以ALK为例，其mRNA表达处于很低水平。而在ALK阳性肺癌细胞中，3‘端酪氨酸激酶区可与多种伴侣发生融合，使ALK基因的3’端实现了高表达。基于ALK基因融合后表达不平衡特点，通过检测ALK基因mRNA的3’端表达量与参照基因（IC）mRNA表达量的定量差异来检测融合突变。这一检测不会因为标本中混合有正常细胞而受到影响，并且不受融合方式的影响。
上海长海医院朱明华教授：作为病理人最根本的出发点在于为患者提供最精准、全面、明确的检测结果，让患者获益最大化。分子病理技术在病理诊断学科发展中的作用不可取代，临床需求也越来越多，越来越迫切。相较于传统定量PCR（qPCR），数字PCR最大的优势在于绝对定量和高灵敏特性，可助力分子病理精准诊断，在精准医学领域有广泛的应用前景。
北京协和医院曾瑄教授：理想的融合基因检测方法具备的特点：耐受低质量的RNA样本、具有更高灵敏度、能检测已知和未知融合、成本低、具有良好的技术拓展性。
很多临床数据显示，不同方法的检测结果存在假阳性或假阴性情况。新羿的数字PCR平台在检测融合基因方面设计很巧妙，我们前期基于不平衡转录分析法测定ALK、RET（已验证的样本），其绝对定量的优势能很轻松的检测出融合基因3`端的高转录水平，证实了数字PCR检测的高灵敏度和高特异性。同时NTRK等融合基因也有小样本量的验证。新羿生物具有全自主研发能力，在成本方面具有压缩空间，通过优化检测流程，未来可实现自动化的简便流程，以满足临床需求。
曾瑄教授：前期我们进行了大量探索性工作，发现很少有人对ALK融合阴性标本做更多研究。所以我们针对肺癌ALK阴性标本，采用数字PCR平台作为方法学之一，发现假阴性病例，提示我们需要结合其他平台来解决真实世界过程中检测所遇到的这些问题。基于数字PCR进行不平衡转录分析策略，通过检测RNA的大量扩增，提示在酪氨酸激酶区域存在过度活化的生物学事件，相较于DNA检测，能更贴近功能检测。同时，前期大量研究也证实在RNA水平检测融合基因会更具优势。到目前为止，利用数字PCR检测ALK融合基因还未出现过假阴性或假阳性情况，所以我们看到了这个方法的应用潜力。
另外，我们利用大量样本验证数字PCR的不平衡检测策略能否用于甲状腺癌RET融合检测，通过数据显示是可行的。为了进一步验证能否广泛应用于NTRK等泛癌肿融合检测，我们也得到一些小样本量的验证。这种巧妙策略既能定量，同时又灵敏、简便、快速，这无疑成为我们高度关注的平台。
曾瑄教授：我们在前期研究中，发现数字PCR有以下优势。
绝对定量：通过我们的2项研究显示出数字PCR绝对定量的优势；
不平衡法设计巧妙：通过3`端和IC之间的定量差异即可筛查是否融合，不受限于融合伴侣，可以将未知融合基因全部筛查；
对RNA样本容忍度高：以RNA为对象检测融合基因更具优势，同时数字PCR对RNA样本的质量忍耐度高，对RNA完整性不做要求。
灵敏度高：我们利用数字PCR检测ALK等融合基因、EGFR等突变，至今未发现假阳性情况，防污染体系做的很棒；
成本可控：新羿生物全自主研发平台，价格方面可调控，普及性会更好；
可持续的研发转化能力：数字PCR平台可根据客户需求定制化的开发设计新产品，在科研上、临床上都有很大的应用前景。
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